Comme toutes les associations loi 1901, le Conseil d’Administration  d’ALPAJE est la résultante d'un groupe d'adhérents qui élit une partie des membres du bureau annuellement lors d’une Assemblée Générale.

Les administrateurs élisent un représentant légal, en l’occurrence M. Pierre CHAMPAGNE, Président de l’association.

Le Conseil d’Administration se réunit au moins une fois par trimestre, voire plus si  des sujets ou des questions particulières nécessitent des décisions ou des orientations importantes.

L’ensemble des membres de ce conseil sont des militants. Ils peuvent se rendre disponible dès que le besoin s’en fait sentir. Il existe une réelle proximité entre les administrateurs et les salariés. Ces derniers sont conviés aux réunions qui se déroulent au sein de l’établissement.

De plus, lors des réunions hebdomadaires de l’équipe éducative, des échanges entre salariés peuvent permettent de dégager de nouvelles orientations. Ces dernières sont alors proposées par le directeur au Conseil d’administration qui validera ou non ces nouvelles stratégies.